[...]
# start a terminal
bindsym $mod+Return exec i3-sensible-terminal
[...]
Você precisa trocar o i3-sensible-terminal para qual você deseja.
Simples, aquele que lhe agradar. Irei listar alguns terminais.
Recomendo que você instale e teste cada um. Iremos optar por abordar especialmente o rxvt e o xfce4-terminal quando se tratar de customização.
rxvt
xfce4-terminal
xterm